उज्जैन के सांस्कृतिक और पौराणिक महत्व को ध्यान में रखते हुए राज्य शासन ने संस्कृत भाषा और प्राचीन ज्ञान विज्ञान के अभिवर्धन एवं प्रसार हेतु उज्जैन में संस्कृत विश्‍वविद्यालय स्थापित करने का निर्णय लिया। महर्षि पाणिनि संस्कृत विश्‍वविद्यालय अधिनियम 2006 क्रमांक 15 सन् 2008 के तहत 15 अगस्त 2008 से महर्षि पाणिनि संस्कृत विश्‍वविद्यालय उज्जैन की स्थापना की गई तथा 17 अगस्त 2008 को राज्य के मुख्यमंत्री माननीय श्री शिवराज सिंह चैहान की अध्यक्षता में तत्कालीन महामहिम राज्यपाल एवं कुलाधिपति डॉ. बलराम जाखड़ द्वारा इसका विधिवत् शुभारंभ किया गया। यह कार्यक्रम बिड़ला शोध संस्थान देवास रोड़ उज्जैन में सम्पन्न हुआ था। जिला प्रशासन के सहयोग से देवास रोड, उज्जैन स्थित बिड़ला शोध संस्थान परिसर में बिड़ला ट्रस्ट की सहमति से विश्‍वविद्यालय का कार्यालय दिनांक 17 अगस्त 2008 से प्रारंभ किया गया।